Author: Sjors
De genetische code van virussen, waaronder SARS-CoV-2, muteert voortdurend, waardoor nieuwe varianten ontstaan die verschillende overdraagbaarheid, ernst en andere ziektekenmerken kunnen hebben. De rol van variantdetectie binnen afvalwatermonitoring blijft grotendeels wetenschappelijk onderbelicht en wordt onderbenut in de volksgezondheid en klinische diagnostiek. In het najaar van 2021 lanceerde The Rockefeller Foundation de Wastewater Action Group om verschillende benaderingen te bestuderen om afvalwatergegevens om te zetten in maatregelen voor de volksgezondheid. Toen de Omicron-variant van SARS-CoV-2 werd geïdentificeerd in Zuid-Afrika, mobiliseerde de Wastewater Action Group om te bepalen hoe afvalwatermonitoring kan worden gecombineerd met snelle identificatie van verschillende genetische varianten om…
Onze analyse vereiste twee primaire gegevensbronnen om kansgewogen risicoverhoudingen (RR’s) te schatten: positiviteitscurven en met de werkzaamheid geassocieerde RR’s. Om de positieve waarschijnlijkheden van de test te parametriseren, hebben we een geschatte laterale flow-test “(LFT)-achtige” positiviteitscurve gebruikt die is gegenereerd op basis van een Hellewell et al. Bayesiaans model, dat de posterieure kans op positief testen voor elke dag sinds infectie van 0 tot 30 dagen rapporteert, over 4000 Markov-keten Monte Carlo (MCMC) trekt9. Dat wil zeggen, terwijl de patiëntenpopulatie in deze analyse routinematig PCR- en geen antigeentests kreeg toegediend, verschaften de auteurs twee scenario’s die de verwachte testpositieve…