De symptomen van infectieuze gastro-enteritis kunnen sterk lijken op de symptomen van inflammatoire darmziekte (IBD), een aandoening van de dikke darm. Enkele van de overlappende symptomen zijn krampen, buikpijn, een opgeblazen gevoel en diarree. Vanwege de overeenkomsten kan het moeilijk zijn om onderscheid te maken tussen een IBD-opflakkering en infectieuze gastro-enteritis zonder laboratoriumtests.
Daarom is het belangrijk dat clinici rekening houden met infectieuze oorzaken, zelfs wanneer een IBD-opflakkering wordt vermoed. Een gastro-intestinale infectie kan de symptomen verergeren voor degenen die al last hebben van chronische IBD. En chronische IBD kan een ernstige onderliggende infectie maskeren die een goede behandeling kan helpen verlichten.